O Figueirense está de volta à Série C depois de 22 temporadas. A última participação ocorreu em 1999, quando foi o sexto colocado da competição, que não classificou nenhuma equipe para a Série B de 2000.
Em 1999, a terceira divisão foi disputada em quatro fases, e a campanha do Furacão deixou o clube entre os seis primeiros colocados. O time catarinense estava incluído do Grupo F, junto com Caxias, Brasil-RS, Rio Branco-PR, América-SP e Volta Redonda.
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Classificado em segundo no grupo, juntamente com Caxias, em primeiro, e Brasil de Pelotas, um dos terceiros melhores colocados, o Figueira eliminou o Rio Negro, de Manaus, com duas vitórias na segunda fase: 3 a 1 no Orlando Scarpelli e 2 a 0 no Vivaldão. Na terceira fase, venceu o São Raimundo, também de Manaus, por 3 a 1. No jogo de volta, perdeu por 2 a 0, o que levou a disputa para a terceira partida. Na decisão, o empate em 1 a 1 deu a classificação ao time amazonense.
Com a eliminação, o Figueirense não teria direito a disputar a Segundona no ano seguinte. No entanto, em 2000, a Série B não ocorreu por conta do impedimento da justiça para que a Confederação Brasileira de Futebol (CBF) não organizasse o Brasileirão devido ao caso do jogador Sandro Hiroshi, com inscrição irregular no São Paulo em 1999.
E, sem o Campeonato Brasileiro, foi realizada a Copa João Havelange, que contou com a participação do Furacão como um dos melhores colocados na Série C (sexta posição). A equipe de Florianópolis disputou o Módulo Amarelo, composto por times que deveriam disputar a segunda divisão, mais os convidados de séries inferiores.
O Figueirense encerrou a competição em segundo lugar na primeira fase e ganhou uma das vagas para a Série B 2001. Um ano depois, conseguiu o acesso à primeira divisão.
Fonte: GE